CADD课程学习（2）-- 靶点晶体结构信息

如何获取靶点晶体结构信息（PDB）

PDB数据库介绍

网址：https://www.rcsb.org/
PDB：蛋白晶体结构资料数据库（Protein Data Bank），1971年由美国Brookhaven、实验室建立，由结构生物信息学研究合作组织维护（RCSB）

PDB数据库可用于获取蛋白质的晶体结构及重要信息，在药物设计中具有一个可靠的而蛋白晶体结构是非常重要的

PDB数据库中的每个蛋白晶体结构均有唯一的ID，由0~9和A-Z组成四位的字符串，如Bcr/Abl靶点的晶体结构之一（PDB ID：1lEP）

PDB数据文件

以 PDB 1IEP为例





其他汇总

HEADER	分子类，公布时间， ID
OBSLTE	注明该ID号已改为新号
TITLE	说明试验方法类型
CAVEAT	可能的错误提示
COMPND	化合物分子组成
SOURCE	化合物来源
KEYWDS	关键词
EXPDTA	测定结构所用的实验方法
AUTHOR	结构测试者
REVDAT	修订日期及相关内容
SPRSDE	已撤销或更改的相关记录
JRNL	发表坐标集的文献
REMARK 1	有关文献
REMARK 2	最大分辨率
REMARK 3	用到的程序和统计方法
REMARK 4	其他注解
DBREF	其他序列库的有关记录
SEQADVPDB	与其它记录的出入
MODEL	多亚基时显示亚基号
ATOM	标准基团的原子坐标
SIGATM	标准差
ANISOU	温度因子
SIGUJ	各种温度因素导致的标准差
TER	链未端
HETATM	非标准基团原子坐标
ENDMDL	亚基结束
CONECT	原子间的连通性有关记录
MASTER	版权拥有者
END	文件结束

PDB数据库使用

自定义输出




具体的晶体复合物信息下载

查看分子蛋白相互作用

还有一些$\pi$-$\pi$键：主要是面对面和点对面

选择显示的键：




练习：

1. 搜集Bcr/Abl靶点的蛋白晶体结构及其涉及的小分子结构，批量下载其PDB结构并整理相关重要信息，如PDB的分辨率，小配体的活性值，蛋白对应的论文信息等，形成初步靶点及其药物分子（包括小分子及抗体等）调研报告。
2. 收集新冠病毒的Spike蛋白及ACE2蛋白的晶体结构，并下载其PDB结构，并整理相关重要信息，如PDB的分辨率，小配体的活性值，蛋白对应的论文信息等，形成初步靶点及其药物分子（包括小分子及抗体等）调研报告。