Pal2Nal|如何在命令行下运行Pal2Nal

1.Pal2Nal是什么

  Pal2Nal是一个将已经比对好的蛋白及其对应的DNA（mRNA）多序列转化为密码子比对的程序。有在线网页版本，有Linux操作系统下的命令行版本，本文介绍的是命令行版本。

  Pal2Nal的官方网址：

http://www.bork.embl.de/pal2nal/

2.Pal2Pal的下载安装

conda create -n pal2nal
conda activate pal2nal
conda install pal2nal

3. 运行Pal2Nal

perl pal2nal.pl pep.fas nuc.fas -output codon > ./*.fas -codontable number
#输入文件，两个，分别是比对好的PEP和原始的CDS序列
#-output 输出文件格式，默认为clustal
#-output + ' ' + > + ' ' +输入的路径及文件名
#-codontable 选择合适的密码子表
#pal2nal -h 可以看到详细的参数信息