MitoZ|Multi-Kmer mode

一、什么情况下运行Multi-Kmer mode

  当使用MitoZ的quick mode（–run_mode 2），有一些蛋白质编码基因（PCGs）未找到，可以尝试一下multi-Kmer mode(–run_mode 3)。

二、输入文件

  在运行该模式前，需要准备好quick mode生成的几个文件作为输入文件，包括：

1. work71.hmmout.fa 或 quickMode.fa，提供的fasta文件中要含有您的样品的正确的线粒体基因组序列。
2. 要手动创建一个.txt文件，里面描述了在某条序列上编码着哪些PCGs，格式：
   seqid1 PCG1 PCG2
   seqid2 PCG3
3. work71.hmmtblout.besthit.sim.filtered.fa
4. work71.hmmtblout.besthit.sim.filtered.high_abundance_*X.reformat.sorted

三、示例

$ python3 MitoZ.py all2 --genetic_code 5 --clade Arthropoda --outprefix test \
--thread_number 12 --fastq1 clean.1.fq.gz --fastq2 clean.2.fq.gz \
--fastq_read_length 150 --insert_size 250 \
--run_mode 3 \
--filter_taxa_method 1 \
--requiring_taxa 'Arthropoda' \
--quick_mode_seq_file quickMode.fa \
--quick_mode_fa_genes_file quick_mode_fa_genes.txt  \
--missing_PCGs ND4L ND6 ND2 \
--quick_mode_score_file work71.hmmtblout.besthit.sim.filtered.high_abundance_10.0X.reformat.sorted  \
--quick_mode_prior_seq_file work71.hmmtblout.besthit.sim.filtered.fa

  输出的结果文件为outprefix.multiKmer_seq_picked.clean.fa，保存在outprefix.assembly2文件夹下。