amber教程3.2：GPU查看和用pmemd引擎跑MD

1.查看电脑的GPU和运行任务

命令查看电脑里存在的GPU的状态：

nvidia-smi

一些信息的说明：

左侧的【GPU Fan】列的0,1,2代表当前电脑的GPU序号和个数

这里的GPU Fan为2的当前的GPU内存占用为46%，GPU利用率（Volatile GPU-Util）为93%

设置用哪块GPU跑MD：

用export声明全局变量，用序号为2的GPU进行当前终端的任务运算：

export CUDA_VISIBLE_DEVICES=2

2.用pmemd跑模拟

准备好top文件*.parm7和crd文件*.rst7和md.in文件:

wget http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial14/include/RAMP1.prmtop
wget http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial14/include/RAMP1_equil.rst7
wget http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial14/include/md.in

编写md.sh脚本:

利用pmemd引擎进行分子运动模拟:

#! /bin/bash -f

export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0

$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i md.mdin -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7\
 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.mdout -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc

CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 设置序号为0的GPU来进行任务运算

-ref 是输入参考构象坐标，这里使用重启的构象坐标文件（和-c相同）

运行脚本：

命令结尾加上&符号，可以让当前终端仍可以使用： 

sh md.sh &

输出文件中有个文件*.mdinfo这个文件信息告诉我们当前任务的完成率和还需要的时间和最终完成消耗的时间。 

3.查看任务的运行状态

查看命令是否在运行：

top命令可以动态查看后台的任务运行情况，要退出按键盘按键“q”

top

nvidia-smi也可以查看对应GPU下是否有在运行指定的任务。

进程的杀死和进程详细路径的查看：

PID是对应的进程号

kill -9 PID

查看一个PID的完整路径命令：

top可以查看任务进程的PID，但是不会显示任务的完整路径，这个命令可以作为补充

pwdx PID

若我们想看PID=3734的任务的运行路径，输入pwdx 3734

参考文章链接： Running MD with pmemd