【冷冻电镜】RELION4.0 pipeline命令总结（自用）

本文整理一下RELION4.0教程中每一步使用的命令，方便查看和使用相关API。
建议配套实验流程RELION4.0 subtomo教程解析来看。

1. 导入tomograms

relion_tomo_import_tomograms 
--i input/tomograms_descr.star --o ImportTomo/job001/tomograms.star 
--angpix 1.35 --voltage 300 --Cs 2.7 --Q0 0.07 
--ol input/order_list.csv --flipZ --hand 1 
--pipeline_control ImportTomo/job001/

对应源码：import_tomograms.cpp

2. 导入particles

relion_tomo_import_particles 
--i input/coords_5tomos.star --o ImportTomo/job002/ 
--t ImportTomo/job001/tomograms.satr 
--pipeline_control ImportTomo/job002/

对应源码：import_particles.cpp

3. 创建pseudo subtomo

relion_tomo_subtomo_mpi 
--i ImportTomo/job002/optimisation_set.star --o PseudoSubtomo/job003/
--theme classic 
--b 192 --crop 96 --bin 4 --float16 --j 24
--pipeline_control PseudoSubtomo/job003/

对应源码：subtomo_mpi.cpp

4. 创建 initial model

relion_refine 
--i PseudoSubtomo/job003/particles.star 
--o InitialModel/job004/run
--iter 100 
--grad 
--denovo_3dref 
--ctf 
--K 1 
--sym C1 
--flatten_solvent 
--zero_mask 
--dont_combine_weights_via_disc 
--pool 16 --pad 1 
--skip_gridding 
--particle_diameter 230 
--oversampling 1 
--healpix_order 1 
--offset_range 6 --offset_step 2 
--auto_sampling 
--tau2_fudge 4 
--j 8 --gpu '0' 
--pipeline_control InitialModel/job004/

# dont_combine_weights_via_disc: 通过MPI网络发送加权求和的大数组，而不是将大文件写入磁盘。
# skip_gridding: 跳过M步骤中的网格细分
# tau2_fudge: 正则化参数（大于1的值赋予数据更多权重）
# oversampling：自适应过采样顺序以加速计算（0：无过采样，1:2x，2:4x)
# healpix_order：3D球体上角度采样（过采样前）的Healpix顺序。


relion_align_symmetry 
--i InitialModel/job004/run_it100_model.star --o InitialModel/job004/initial_model.mrc 
--sym C6 --apply_sym --select_largest_class 
--pipeline_control InitialModel/job004/
# apply_sym: 将对称性同样应用到 map
# select_largest_class： 从 model.star 中选择最大的类，默认情况下将选择对称最好的 map。

对应源码：ml_optimiser.cpp, align_symmetry.cpp

5. Refine 3D

relion_refine_mpi
--o Refine3D/job005/run 
--auto_refine 
--split_random_halves
--ios PseudoSubtomo/job003/optimisation_set.star
--ref InitialModel/job004/initial_model.mrc
--ini_hign 50 
--dont_combine_weights_via_disc 
--pool 16 --pad 2
--skip_gridding 
--auto_ignore_angles 
--auto_resol_angles 
--ctf 
--particle_diameter 230 
--flatten_solvant 
--zero_mask 
--oversampling 1 
--healpix_order 2 
--auto_local_healpix_order 4 
--offset_range 5 
--offset_step 2 
--sym C6 
--low_resol_join_halves 40 
--norm --scale 
--j 8 --gpu ""
--pipeline_control Refine3D/job005/

# auto_refine：在自动细化中，基于分辨率要求的采样更新角度采样，使得收敛速度更快。

对应源码：src/apps/refine(_mpi).cpp, 主要算法实现位于src/ml_optimiser(_mpi).cpp。

6. reconstruct particle

relion_tomo_reconstruct_particle_mpi
--i PseudoSubtomo/job003/optimisation_set.star
--p Refine3D/job005/run_data_z2.75/star
--theme classic
--o ReconstructParticleTomo/job006/
--b 256 --crop 128 --bin 2 
--j 24 --j_out 24 --j_in 1 --sym C6
--pipeline_control ReconstructParticleTomo/job006/

对应源码：reconstruct_particle_mpi.cpp

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$$Author:Chier$$