R package调试

之前我以为调试R包里面的代码需要按照我之前的方法，很麻烦的这种，类似于这种
https://blog.davisvaughan.com/posts/2019-04-05-debug-r-package-with-cpp/

如果直接安装R包进行调试，发现有些函数是进不去的，但是今天我发现一个很有用的东西
https://stackoverflow.com/questions/22000969/how-to-debug-placing-break-point-etc-an-installed-r-package-in-rstudio

其实没有必要按照第一中方法做，完全可以使用类似于python的方法，直接调用源码即可，只不过这里使用source即可，下面是我使用conos包的案例

rm(list=ls())
# https://htmlpreview.github.io/?https://raw.githubusercontent.com/kharchenkolab/conos/main/doc/integrating_rnaseq_atacseq.html
setwd("~/Desktop/Method_Study/Conos/conos-main/")
library(pagoda2)
library(parallel)
library(ggplot2)
load("../data/data.rdata")
p2l <- lapply(data,basicP2proc,n.odgenes=3e3,min.cells.per.gene=-1,nPcs=30,make.geneknn=FALSE,n.cores=1)

source("./R/conclass.R")
## instantiate Conos object
con <- Conos$new(p2l, n.cores=1)

source("./R/conos.R")
source("./R/RcppExports.R")
source("./R/access_wrappers.R")
## build joint graph
con$buildGraph(k=15, k.self=5, k.self.weigh=0.01, ncomps=30, n.odgenes=5e3, space='PCA') 

print("done")

这里就可以随便调试了，一方面就可以知道哪个函数来自哪个文件，所以这个就很方便了

注意这个地方，需要自己手动导入 library(leidenAlg)的，否则如果什么都不做的话，