Utilisation de simpletk - 4. Question étrange

1. DonnéesdtypeQuestions de type

1.1 Déterminer la cause

Description du phénomène

• windowsUtilisation suivantenumpyTraitementNiftiImage et enregistrement,
  • L'image qui en résulte est49KB
  • ITK-SnapOn peut l'ouvrir.
• linuxUtilisez le même code ci - dessous pournumpyTraitementNiftiImage et enregistrement
  • Quand j'ai l'image85KB
  • ITK-SnapErreur ouverte：itk::ERROR: NiftiImageIO(000001CB27E1CD80): Unknown component type: 0
    
  • Mais3D SlicerOn peut l'ouvrir.

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Trouver la raison

• Comme le Code est le même,Testé sauvegardénumpyLes mêmes données,Mais la taille finale du fichier est différente.
• Considérez donc le type de données,dtypeLa question de

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L'expérience

Parce qu'il y a une phrase dans le Code qui est：

skull_striper_array = np.where(pred_label_array - skull_mask_array == 1, 1, 0)

Voir les types de données un par un ,Découverte

pred_label_array.dtype
> dtype('uint8')

skull_mask_array.dtype
> dtype('uint8')

skull_striper_array.dtype
> dtype('int64')

Il est donc tenu compte de ce qui suit: numpy Constante introduite dans , Provoque un changement de type de données .

skull_mask_path = "./skull_striper_mask.nii.gz"
skull_mask_image = sitk.ReadImage(skull_mask_path)
print(skull_mask_image.GetPixelIDTypeAsString())
> 64-bit signed integer

Voirlinux Type de données pour l'image suivante ,En effet.int64,Passer àint32Après,itk-snap Vous pouvez ouvrir l'image traitée .

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Tenir compte des différents environnements numpy Type de données par défaut pour les constantes

• linuxEnvironnement：numpy-1.19.2、simpleitk-2.1.1.2

  test =np.array([1])
  test.dtype
  > dtype('int64')
  

• windowsEnvironnement：numpy-1.19.2、simpleitk-2.1.1.2

  	test =np.array([1])
  	test.dtype
  	> dtype('int32')
  

1.2 numpyPar défautdtypeType

InnumpyDocumentation-Data typesMoyenne,Il y a la description suivante：

NumPyOffrenumpy.iinfoEtnumpy.finfoPour confirmerNumpy Valeurs maximales des entiers et des points flottants .

np.iinfo(int) # Bounds of the default integer on this system.
iinfo(min=-9223372036854775808, max=9223372036854775807, dtype=int64)
np.iinfo(np.int32) # Bounds of a 32-bit integer
iinfo(min=-2147483648, max=2147483647, dtype=int32)
np.iinfo(np.int64) # Bounds of a 64-bit integer
iinfo(min=-9223372036854775808, max=9223372036854775807, dtype=int64)

Donc testez sur votre propre machine ：

• windowsAllez.：
  
• linuxAllez.：
  
• Pour que vous sachiez, Quand j'utilise le code suivant , Après l'introduction d'un entier

  skull_striper_array = np.where(pred_label_array - skull_mask_array == 1, 1, 0)
  

• windows Par défaut, cet entier （int）- Oui.int32Bits,Etlinux Par défaut, cet entier (int)- Oui.int64Bits

StackOverflow Il y a un problème similaire. ,Voir détailsSpecifying default dtype for np.array(1.)

1.3 itk-snapOuvre.int64Problèmes de formatage

Le phénomène est décrit ci - dessus. ：

• 64 Utilisation d'images bitwise ITK-SnapErreur ouverte：itk::ERROR: NiftiImageIO(000001CB27E1CD80): Unknown component type: 0
  
• Mais3D SlicerOn peut l'ouvrir.

Donc, considérez si ITK-SnapNon pris en chargeint64Image en bits. Aucun contenu pertinent valide n'a été trouvé pour le moment .
TBD