浙江大学团队使用基于知识图谱的新方法，从空间分辨转录组数据中推断细胞间通信状况

空间分辨转录组学提供空间遗传信息，以阐明完整器官的空间结构和介导组织稳态、发育和疾病的空间分辨细胞-细胞通讯。

为了便于推断空间分辨的细胞间通信，浙江大学的研究人员介绍了 SpaTalk，它依赖于图形网络和知识图谱，通过非负线性模型剖析细胞类型组成，并在单细胞转录组和空间解析转录组数据之间进行空间映射，对空间近端细胞之间的配体-受体-靶信号网络进行建模和评分。SpaTalk 在公共单细胞空间转录组数据集上的基准性能优于现有推理方法。

该团队将 SpaTalk 应用于 STARmap、Slide-seq 和 10X Visium 数据，揭示了具有空间结构的正常和疾病组织背后的深入交流机制。SpaTalk 可以普遍揭示单细胞和基于点的空间分辨转录组数据的空间分辨细胞间通信，为空间细胞间组织动力学提供有价值的见解。

该研究以「 Knowledge-graph-based cell-cell communication inference for spatially resolved transcriptomic data with SpaTalk」为题，于 2022 年 7 月 30 日发布在《 Nature Communications》。

论文链接： https://www.nature.com/articles/s41467-022-32111-8