学习基因富集工具DAVID(3)

Gene Ontology(GO)分析

GO分析，在MF、BP、CC三方面富集基因，分析在三方面的功能注释内，基因富集的P Value

使用DAVID实现GO分析：

其实操作和实现KEGG pathways分析类似

GO分析得到的txt文件：

每一行是一条条目（term）

Category列，或者说Ontology列：

共有分为CC、BP、MF三类
对应基因的细胞组分，生物学过程和分子功能三类

Term列：

基因在GO库内记录的号码和相关功能的注释

BgRatio ：

背景比率分数，分母是该物种编码蛋白的基因中凡是带有GO注释的gene的总数（估计就是GO基因库总数），分子是总数内带有当前条目上GO功能注释的基因数目。

GeneRatio：

分母是实验用到的基因总数（进行GO分析的基因数目），分子是分母基因内富集到这个GO注释的基因数量。

富集倍数：

假设BgRatio是200/20000=0.01,而GeneRatio是10/100=0.1，那么富集倍数就是0.1/0.01=10倍。

P value，以及进行FDR校正是p.adjust

GO富集分析：条形图和气泡图

利用进行负对数处理的P值为X轴，和条目的GO注释（Y轴）绘制统计柱形图，若是条柱越长，该条目基因的富集效果越显著。

利用下载的go分析数据绘制气泡-颜色映射图：

一个X-Y二维图，加上符号大小和颜色映射，实现在平面内表达四维数据。

用Excel处理下载的GO数据文件：

1.处理功能注释term列 ：

若Term列为B列
新建一列，输入=right(B2,LEN(B2)-11) & "[BP]"
下拉填充

2.按Category列进行排序(将混乱的MF、CC、BP进行整理）

3.筛选出PValue<0.01的条目：

选择PValue列
点击[排列和筛选]-->[筛选]-->在PValue列出现的三角按钮选择[数字筛选] \
-->选择小于0.01

选取BP、CC、MF中Pvalue显著的前10列进行绘图

选取Fold enrichment、新的Term列、Count列和PValue列做为一个新四维数据，复制到Origin里

在Origin里绘制气泡-颜色映射图：

 选择【绘图】-->【类别】-->【气泡+颜色映射图】，打开如下的弹窗：

① 用Fold enrichment列为X轴，Term列为Y轴，Count列表示符号大小（气泡大小）S维度，Pvalue为颜色映射 C维度，点击确定。

添加色阶图例：

 选择①图-->②图例-->③重构图例，在图内弹出一个新图例：

 对图内弹出的图例①右键，选择②【添加色阶】，删除原图例

对画布进行调整、字体进行调整，添加图例等操作，保存图片： 

参考文章和视频：

Origin: 气泡图+颜色映射图_跳动的喵尾巴的博客-CSDN博客_origin气泡图 

四种GO富集柱形图、气泡图解读_哔哩哔哩_bilibili