snakemake 使用的注意事项

注意事项

1、rule all 中不能有空行
2、benchmark 中要使用到所有的 wildcards 变量
3、input 中要使用函数。若直接使用变量，可以通过转换 lambda wildcards:
4、output中不能使用函数。
5、rule all 中使用expand()，表示需要所有文件，会并行
6、rule other 中使用expand()，表示要凑其所有文件，才开始运行。
7、一次运行中只能有一个 rule all。
8、Snakefile会先执行 python 内容，再执行rule all。使用 snakemake -p -c 1 > log 2>&1 & 时，print的内容会打印在文件最后，但却是先执行的。

参考：

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/index.html