Topic 1 Single_Cell_analysis（2）

Part 1 Scissor——logistic regression

1.下载bulk-dataset和phenotype（TP53mutant作为phenotype）

load(url(paste0(location, 'TCGA_LUAD_exp2.RData')))
load(url(paste0(location, 'TCGA_LUAD_TP53_mutation.RData')))

table(TP53_mutation)

共有497个cells，其中255个是mutant，剩下的243个是wild-type（mutant设置为1，wild-type设置为0）

2.Scissor选择有信息量的细胞（informative cells）

#使用scissor选择信号细胞（TP53 mutant==1 wild-ttype==0）family=binormal
phenotype<-TP53_mutation
tag <- c("wild-type", "TP53 mutant")
infos3<-Scissor(bulk_dataset,sc_dataset,phenotype,tag=tag,alpha=NULL,family = "binomial",Save_file="Scissor_LUAD_TP53_mutation.RData")

此处不设置其他参数值，最终自定义！

由上图可知，当alpha=0.2时，识别到414个mutant cell和320个wild-type cell，将识别出的cell与全部细胞呈现在picture

Scissor_select<-rep(0,ncol(sc_dataset))
names(Scissor_select)<-colnames(sc_dataset)
Scissor_select[infos3$Scissor_pos]<- 1
Scissor_select[infos3$Scissor_neg]<- 2
sc_dataset<-AddMetaData(sc_dataset,metadata = Scissor_select,col.name = "scissor")
DimPlot(sc_dataset,reduction = 'umap',group.by = 'scissor',cols = c('grey','indianred1','royalblue'),pt.size = 1.2,order = c(2,1))

Sissor_pos：表示与mutant紧密相关的cell（因为在设置的过程中设置mutant为1）
Scissor_neg：表示wild-type紧密相关的cell（在设置过程中设置wild-type为0）

Part 2 Scissor 结果解释

Scissor_postive 细胞和 Scissor_negative 细胞都是与特定表型（如TP53mutantion、survival等）高度相关的 Scissor 选择细胞。Scissor选择的细胞和表型之间的关联取决于使用的模型，应该在特定的上下文中进行解释。对于线性回归和分类模型，参数的初始值phenotype都会影响解释。

例如，在上述使用TP53突变状态的应用中，如果TP53突变体编码为1，而野生型为0，则 Scissor+ 细胞将与TP53突变体相关联，而 Scissor- 细胞将与野生型相关联。如果编码颠倒phenotype对于两种表型，Scissor+细胞和Scissor-细胞的解释相应改变。对于 Cox 回归，Scissor+ 细胞与较差的存活率相关，而 Scissor- 细胞与良好的存活率相关。

Scissor可以将细胞与表型联系起来，这种联系是表型之间的相对概念。也就是说，**Scissor 分配了一个细胞比另一个表型更可能与哪个表型相关联。**考虑到单细胞和体样本之间可能存在负相关，我们可以通过将一个细胞分为以下三类（表 1）来进一步解释一个细胞：**如果一个细胞与所有体样本的相关性平均值大于 0，并且正相关数大于负相关数，该细胞与相关表型更相似；如果一个细胞相关性的平均值小于 0 并且负相关性的数量大于正相关性的数量，则该细胞应被解释为与其他表型更不相似；否则，该细胞与表型的关联是无法确定的。**在大多数情况下，负相关值非常少，识别出的细胞属于“更相似”的类别。

注：Development

1.label

在所有的数据中经过Scissor只能将数据处理成Scissor_pos和Scissor_neg两个label——>多标签

2.model of selected cell and phenotype

Scissor选择出的positive和negative细胞，根据自己建立的model在cell和phenotype的关联中选择的（特定上下文选择）查：关联度选择

Question

1. the relationship of single-cell & sample

单细胞和体样本之间可能存在负相关 ??